ROSALIND FIB

Given: Positive integers n≤40 and k≤5.
Return: The total number of rabbit pairs that will be present after n
months, if we begin with 1 pair and in each generation, every pair of reproduction-age rabbits produces a litter of k rabbit pairs (instead of only 1 pair).

import sys

def F(n, k):
 Fn_2 = 1
 Fn_1 = k+1
 if n > 1:
  i = 3
  while i < n:
   Fn = Fn_1 + k*Fn_2
   Fn_2 = Fn_1
   Fn_1 = Fn
   i+=1
  return Fn
 elif n == 1:
  return 1
 elif n == 2:
  return k+1

def main():
 if len(sys.argv) > 1:
  print F(int(sys.argv[1]), int(sys.argv[2]))
 else:
  print 'Enter k and n.'

if __name__ == '__main__':
 main()

ROSALIND REVC

Given: A DNA string s of length at most 1000 bp.
Return: The reverse complement of s.

import sys
import re

def rev_comp(s):
 res = ''
 for i in s:
  if i == 'A':
   res += 'T'
  elif i == 'G':
   res += 'C'
  elif i == 'T':
   res += 'A'
  elif i == 'C':
   res += 'G'
 return res[::-1]

def main():
 if len(sys.argv) > 1:
  print rev_comp(sys.argv[1])
 else:
  print 'Enter your sequence!'

if __name__ == '__main__':
 main()

ROSALIND RNA

Given: A DNA string t having length at most 1000 nt.
Return: The transcribed RNA string of t.

import sys
import re

def main():
 if len(sys.argv) > 1:
  print re.sub(r'T', r'U', sys.argv[1])
 else:
  print 'Enter your sequence!'

if __name__ == '__main__':
 main()

ROSALIND DNA

Given: A DNA string s of length at most 1000 nt.
Return: Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols 'A', 'C', 'G', and 'T' occur in s.

I've wrote even two functions to count lettes:

import sys
import re

def cycle(s):
 a_num = 0
 t_num = 0
 g_num = 0
 c_num = 0
 for i in s:
  if i == 'A':
   a_num += 1
  elif i == 'T':
   t_num += 1
  elif i == 'G':
   g_num += 1
  elif i == 'C':
   c_num += 1
 return str(a_num) + ' ' + str(c_num) + ' ' + str(g_num) + ' ' + str(t_num)

def reg_expr(s):
 A = re.findall(r'A', s)
 C = re.findall(r'C', s)
 G = re.findall(r'G', s)
 T = re.findall(r'T', s)
 return str(len(A)) + ' ' + str(len(C)) + ' ' + str(len(G)) + ' ' + str(len(T))

def main():
 if len(sys.argv) > 1:
  print reg_expr(sys.argv[1])   #cycle(sys.argv[1])
 else:
  print 'Enter your sequence!'

if __name__ == '__main__':
 main()

Развлекательныне сайты по биоинформатике

Заметки о генетике, с историческим уклоном.

Где  учить питон понравилось у гугла.

Про горизонтальный перенос генов.

Митотический кроссинговер.

Сайты для биоинформатика

Информация по геномам NCBI

Статьи по биомедицине PubMed

Шкалы Phred 33 Phred 64

План рассказа про дифракцию света на нити

1.       Интерференция света – это явление перераспределения интенсивности света в результате наложения (суперпозиции) нескольких когерентных световых волн. Это явление сопровождается чередующимися в пространстве максимумами и минимумами интенсивности, которые называются интерференционной картиной.

2.       Принцип Гюйгенса-Френеля
Гюйгенс сказал в конце 17 века: каждая точка фронта (поверхности, достигнутой волной) является вторичным (т.е. новым) источником сферических волн.
Френель почти через 40 лет дополнил: эти источники когерентны между собой, а испускаемые ими волны интерферируют.

3.       Дифракция света — это совокупность физических явлений, обусловленных волновой природой света и наблюдаемых при его распространении в среде с резко выраженной оптической неоднородностью (например, при прохождении через отверстия в экранах, вблизи границ непрозрачных тел и т.п.). В более узком смысле этого слова под дифракцией понимают огибание светом различных препятствий, т.е. отклонение от законов геометрической оптики.

3.1  Дифракция на круглом отверстии.
Повторим понятия: разность хода для двух интерферирующих лучей, волновая фаза (аргумент функции).
* Зоны Френеля (Ро – источник, Р – точка наблюдения) – кольца, отсекаемые линиями длиной b+n лямбда/2  от окружности радиуса а.
* Так как расстояния до границ соседних зон отличаются на лямбда пополам, то свет от них будет приходить в провивофазе, т.е. разность фаз равна пи (поэтому если их четное кол-во – в центре темное пятно).

* Спираль Френеля. Разобьем зону Френеля на m подзон. Разность хода от двух соседних волн будет лямбда/2m, что дает разницу в фазе волны равную некому сигма. Лучу света, идущему от каждой такой подзоны, сопоставим некий вектор. Тогда изображение этих векторов вместе будет иметь вид как на картинке ниже и называться спиралью Френеля.
Спираль Френеля – именно спираль, а не окружность, т.к. амплитуда света при удалении точки наблюдения от источника света несколько уменьшается (т.к. при таком разбиении площадь зон все же несколько уменьшается?).

3.2 Дифракция на крае экрана.